La Société de Marie s’installe en Alsace en 1824 en prenant la direction de l’école communale de Colmar. Jusqu’en 1870, la congrégation s’implante dans 32 localités du territoire alsaciens : 28 écoles communales et 6 établissements libres (les communes d’Ebersmunster et de Saint-Hippolyte comptant chacune une école communale et un établissement privé). Ne pouvant ignorer les directives administratives du gouvernement et les orientations pastorales des évêques, les Frères de Marie d’Alsace doivent composer avec les autorités civiles et ecclésiastiques lors des différentes installations. Dès 1841, un provincial – l’abbé J. Chevaux – est nommé à la tête des maisons d’Alsace et en 1849, lors de l’établissement des provinces, l’Alsace constitue une unité avec Ebersmunster comme maison centrale.
La Société de Marie s’implante progressivement dans le paysage scolaire du XIXème siècle, en Alsace comme dans d’autres régions françaises. Mais les ambitions scolaires de la Société de Marie se trouve confronter aux prérogatives d’un Etat qui renforce son autorité et son intervention dans le domaine scolaire : des conflits locaux éclatent ; la congrégation prenant en charge de nombreuses écoles publiques, la tutelle de l’inspecteur d’académie (le représentant de l’Etat en matière scolaire) s’exerce sur ces établissements…
L’enseignement devient au XIXème siècle une activité qui intéresse l’ensemble de la société française : la Société de Marie doit faire valoir sa spécificité. Les Frères de Marie bénéficiant déjà des diverses expériences pédagogiques passées, trouvent une voie moyenne avec l’élaboration de la méthode mixte. Au sein de leurs écoles, les frères enseignant apportent le gage d’une congrégation structurée qui crédibilise leur action. De fait, malgré des témoignages très contradictoires, il semble que, là où ils oeuvrent, les frères laissent une empreinte plutôt favorable sur les populations.